El territorio de Villel de Mesa está integrado en la Red Natura 2000 como Zona Especial de Protección para las Aves (ZEPA ES0000094) y Lugar de Importancia Comunitaria (LIC ES4240017), dentro de la denominación Parameras de Maranchón, Hoz del Mesa y Aragoncillo.

Destaca la presencia de aves como el buitre leonado (Gyps fulvus), el alimoche (Neophron percnopterus), el halcón peregrino (Falco peregrinus) y la chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax). Así como la sabina, que forma parte de uno de los bosques más antiguos y que se encuentra en expansión por la merma de la actividad ganadera y del área cultivada.

El valle del Mesa está declarado como Punto de Interés Geológico en el Geoparque Comarca de Molina y Alto Tajo. Su principal valor geológico se basa en que se halla encajado en una importante serie sedimentaria de los periodos Jurásico y Cretácico, por lo que en sus escarpadas laderas, se encuentran afloramientos con una gran variedad de detalles estratigráficos. Por ello no es extraño que en este entorno se hayan descrito las Secciones Tipo de varias formaciones de los periodos antes citados y a partir de los fósiles de esta zona, José Torrubia, publicara en 1754 el primer tratado científico español sobre paleontología.

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